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一种耦合固碳与微生物分解过程预测系统
本发明涉及生态过程模拟与预测技术领域,公开了一种耦合固碳与微生物分解过程预测系统。该系统包括依次连接的生态界面感知单元、双过程互锁解析单元、适应性推演架构构建单元、生态轨迹偏离侦测单元和根因溯源网络生成单元。系统通过同步感知物理化学场与生物...
基于不完备多视角学习的药物重定位预测方法及系统
本发明公开了一种基于不完备多视角学习的药物重定位预测方法及系统,包括,S1.获取药物‑疾病关联数据及多种生物学和药理学辅助信息;S2.基于辅助信息分别构建疾病、药物每个单一视角的邻接矩阵,其中包含不完备邻接矩阵;S3.构建预测模型,其目标函...
一种基于深度学习的病理图像蛋白质组学分析方法及系统
本发明公开了一种基于深度学习的病理图像蛋白质组学分析方法及系统,涉及生物信息学,所述方法包括:利用激光显微切割与质谱分析构建配对图像‑蛋白质数据集;采用预训练VGG16卷积神经网络提取图像深层特征,融合细胞形态学特征构建全蛋白质组回归映射模...
一种基于三轨道编码的蛋白界面预测方法
一种基于三轨道编码的蛋白界面预测方法,将微调的蛋白质语言模型SiteT5与从序列中提取的进化、几何及统计特征相结合,送入三轨道编码网络中,通过整合循环门控模块、多分辨率聚合模块和长序列变形模块,分别捕获残基间的时序关系、局部模式和长程依赖性...
一种家禽全同胞与半同胞关系的检测方法及系统
本申请公开了一种家禽全同胞与半同胞关系的检测方法及系统,涉及家禽育种:获取待检测家禽群体中N个家禽个体的样本并提取DNA;利用高密度SNP芯片对N个家禽个体进行基因分型,得到基因型矩阵M;对基因型矩阵M进行质量控制,过滤检出率低于第一预设阈...
基于预训练模型的肿瘤真菌组癌症检测方法及系统
本发明涉及一种基于预训练模型的肿瘤真菌组癌症检测方法及系统。所述方法包括:获取微生物组数据和肿瘤真菌组数据并分别进行物种分类与归一化处理,对肿瘤位置信息进行编码与嵌入,构建包含密集特征和稀疏特征的输入数据输入到初始深度学习模型中进行预训练,...
基于跨物种压缩德布鲁因图的碳青霉烯耐药标记筛选方法、系统和介质
本发明公开了基于跨物种压缩德布鲁因图的碳青霉烯耐药标记筛选方法、系统和介质。该方法从属于不同物种的革兰氏阴性菌全基因组测序数据与其碳青霉烯药物表型出发,构建基于跨物种联合数据的压缩德布鲁因图,以图中节点的存在/缺失作为统一遗传变异特征。利用...
一种罗氏沼虾参考基因组结构纠错与质量评估方法和系统
本发明涉及生物信息学与基因组组装质量控制领域,具体涉及一种罗氏沼虾参考基因组结构纠错与质量评估方法和系统。该方法获取初级组装序列与Hi‑C数据,构建接触矩阵与交互热图;依据末端跨边界连续对角线互作识别假性拆分位点,依据蝴蝶结状互作识别倒位等...
一种基于多组学联合分析确定罗氏沼虾染色体基数的方法和系统
本发明属于生物技术与基因组学领域,尤其涉及一种基于多组学联合分析确定罗氏沼虾染色体基数的方法和系统。该方法获取从头组装测序数据与Hi‑C测序数据,完成初级组装后,利用Hi‑C互作信号在不预设染色体条数的条件下生成染色体级候选组装,并与不少于...
一种计算机辅助设计的纳米抗体亲和力提升方法
本发明涉及生物技术领域,具体为一种计算机辅助设计的纳米抗体亲和力提升方法。本发明通过文献调研的一系列用于纳米抗体亲和力成熟的生物信息学工具,通过对其可操作性及提升效果的评估优选了部分数据库、服务器及软件组合构建了一套计算机辅助设计(Comp...
基于大规模基因表达数据的生物医学任务执行方法及装置
本发明提供一种基于大规模基因表达数据的生物医学任务执行方法及装置,涉及生物信息学技术领域。其中,基于大规模基因表达数据的生物医学任务执行方法包括:获取与目标生物医学任务关联的待预测样本;待预测样本是根据不同健康状态下的转录组测序数据之间的差...
一种基于多重验证的PCR熔解曲线分析方法及系统
本发明公开了一种基于多重验证的PCR熔解曲线分析方法及系统,其中涉及的分析方法,包括S1.获取PCR反应板各通道各孔位的数据信息,生成各通道各孔位的初始熔解曲线;S2.对初始熔解曲线进行平滑处理,并计算一阶导数,生成负导数曲线;S3.计算二...
基于关键微生物竞争动态的酒糟发酵代谢状态分析方法
本发明属于工业微生物监控与发酵工程技术领域,涉及一种基于关键微生物竞争动态的酒糟发酵代谢状态分析方法。本发明方法是通过分析时间序列样本,鉴定出丰度呈现稳定竞争性变化的关键微生物组合,并基于其丰度动态关系判定发酵代谢状态的转换;所述关键微生物...
一种基于单细胞核转录组学技术的高原家畜睾丸支持细胞和生殖细胞互作的分析方法
本发明提供了一种基于单细胞核转录组学技术的高原家畜睾丸支持细胞和生殖细胞互作的分析方法,属于生物信息学技术领域。所述分析方法,以不同发育阶段的高原家畜睾丸组织为材料进行单细胞核转录组测序,根据标记基因划分支持细胞亚群和生殖细胞亚群,绘制拟时...
基于深度学习的NGS数据嵌合体变异高效检测方法
本发明涉及嵌合体变异检测技术领域,具体涉及一种基于深度学习的NGS数据嵌合体变异高效检测方法。本发明对于任一生物样本,将NGS数据中的测序读段与预设参考基因组进行比对,获得每个比对变异位点的变异等位基因频率,筛选出有效变异位点;对于任一预设...
基于水体eDNA样本识别的珍稀鱼类无损监测方法及系统
本发明涉及鱼类监测技术领域,特别是基于水体eDNA样本识别的珍稀鱼类无损监测方法及系统。通过历史eDNA采样分布构建热点模型,实现采样热点转移预测并确定最佳采样点位;结合高通量测序与碱基序列识别决策树,对序列稀有度进行判别并检索珍稀鱼类;进...
胃癌致病基因序列的生物信息比对分析方法
本发明涉及生物信息学与基因组测序数据处理技术领域,具体为胃癌致病基因序列的生物信息比对分析方法,包括:获取目标样本的基因测序数据,加载预设的胃癌多维拓扑参考图,并加载预设的突变特征向量库;生成特征频率分布,与预设的病因学指纹图谱进行匹配以确...
一种窖泥宏基因组数据自动化分析方法及系统
本发明涉及宏基因组学技术领域,公开了一种窖泥宏基因组数据自动化分析方法及系统,旨在解决现有方法存在效率和准确性较差的问题,方案主要包括:接收测序数据类型、文件路径及分析参数;对原始下机数据进行质量控制;进行序列组装,生成contigs文件;...
基于多源数据融合的低蛋白多元化日粮设计方法及系统
本发明涉及畜牧养殖与饲料营养技术领域,公开了基于多源数据融合的低蛋白多元化日粮设计方法及系统,其中方法通过PC算法构建配方‑环境‑效果有向因果图,采用反事实推理估算环境因素和配方因素的效果偏差贡献占比,利用逆强化学习推断养殖场目标权重偏好,...
一种基于深度学习鉴定的新型抗菌肽及其应用
本发明公开了一种基于深度学习鉴定的新型抗菌肽及其应用,涉及生物技术领域,鉴定方法为利用深度学习赋能南大洋微生物宏基因组来源抗菌肽高通量精准挖掘,通过聚焦10条代表性候选抗菌肽cAMP,并采用化学合成策略获得两条作用于酿脓链球菌感染的低溶血活...
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