南京大学史薇获国家专利权
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龙图腾网获悉南京大学申请的专利一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法与应用获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116189762B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-05-01发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310189155.3,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法与应用是由史薇;张少卿;罗雯睿;于红霞;张效伟;丑立本;谭皓月;郭婧设计研发完成,并于2023-02-28向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法与应用在说明书摘要公布了:本发明公开了一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法与应用,属于内分泌干扰物高通量识别和筛查领域。本发明通过使用BORDA计数法整合了基因中心性、信息丰富度和冗余程度三个维度的证据得分,构建了特异性的内分泌干扰简化基因集,极大的减少了每个物质内分泌干扰筛查所需的测序深度,在降低测试成本的同时提高对内分泌干扰物的筛查通量,对我国和全球内分泌干扰相关新污染物的快速筛查、机制解析和有害结局的预测提供助力和支撑。
本发明授权一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法与应用在权利要求书中公布了:1.一种基于斑马鱼胚胎体系的内分泌简化转录组的构建方法,其特征在于:具体包括以下步骤: S10、收集内分泌相关的生物学通路: 从MSigDB数据库、HALLMARK数据库和KEGG数据库收集内分泌相关的生物学通路; S20、构建内分泌相关的有害结局路径: 基于文献数据和AOPWIKI数据,提取内分泌相关的有害结局路径AOP数据,并且将所述AOP数据与步骤S10获得的生物学通路进行映射,将步骤S10获得的生物学通路映射到AOP的分子起始事件、关键事件和有害结局,构建多层级内分泌干扰危害证据链; S30、内分泌干扰机制标签划分: 基于内分泌干扰物特征,对步骤S10和S20获得的生物学通路进行匹配和标记,并且对步骤S10和S20获得的生物学通路描述的生物层级和干扰靶点靶器官进行匹配和标记; S40、整理生物学通路相关的基因信息: 提取步骤S10和S20获得的生物学通路的所有基因,并且基于ENTREZID将所有基因同源映射成斑马鱼种,获得待简化基因集; S50、基因中心性评估: 提取步骤S40获得的待简化基因集各基因之间在生物网格中的连接性值,将基因转化为节点,连接性值作为各基因节点之间的边权重构建无向图模型,并且通过带重启的随机游走模型PAGERANK算法计算各基因在网络中的中心性PAGERANK值; S60、基因冗余程度和信息丰富度评估: 基于各基因涉及的生物通路所包含的总基因数量评估冗余程度,并且基于各基因涉及的生物通路数量评估信息丰富度;所述信息丰富度使用各基因涉及的生物通路数量评估,生物通路数量乘以系数100后作为信息丰富度得分;所述冗余程度使用各基因涉及的生物通路所包含的总基因数量评估,当该基因涉及多条通路时则用所包含的总基因数量最少的通路表示,生物通路所包含的总基因数量作为冗余程度得分; S70、基因关键性打分: 使用改进的BORDA计数法对基因中心性、冗余程度和信息丰富度进行基因关键性打分; S80、简化基因集数量: 基于步骤S70的基因关键性打分结果进行降序,按关键性打分结果的大小逐次叠加50个基因进行生物学通路的富集,提取通路富集数量的上平台期所对应基因数量,构建内分泌简化基因集。
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